শনিবার সকাল সাড়ে ৮টার সময় মাওলানা মুফতি জয়নাল আবেদীন বাসায় ইন্তেকাল করেন (ইন্নালিল্লাহি ওয়া লিল্লাহি রাজিউন) মৃত্যু কালে তার বয়স হয়েছিলেন ৬৫ বছর। তিনি স্ত্রী ছেলে মেয়ে সহ বহু আত্মীয়-স্বজন রেখে গেছেন। আসর বাদ সাজিয়াড়া শামসুল উলুম মাদ্রাসার ময়দানে তার জানাজা সম্পন্ন হয় তার জানাজায় ইমামতি করেন তার ছেলে হাফেজ মাওলানা মুফতি হাবীবুল্লাহ।
এ সময় সংক্ষিপ্ত বক্তব্য রাখেন, সাজিয়াড়া শামছুল উলুম মাদ্রাসার মোহতামিম, হষরত মাওলানা মোস্তাক আহমেদ,মুফতি আব্দুল কাইয়ুম জমাদার,হাফেজ মাওলানা মুফতি ইলিয়াস বিন একুব। এসময় উপস্থিত ছিলেন দৈনিক প্রবর্তন পত্রিকার সম্পাদক মোস্তফা সরোয়ারসহ এলাকার গণ্যমান্য ব্যক্তিবর্গ।
জানাজা শেষে তার শশুর মাওলানা ইয়াকুব আলীর পাশে তাকে দাফন সম্পন্ন করা হয়।
